Для успешного функционирования образовательного учреждения все большее значение приобретает взаимодействие с профессиональными образовательными учреждениями и образовательными учреждениями высшего образования. В ДШИ № 3 накоплен многолетний опыт сотрудничества с Краснодарским государственным институтом культуры, Кубанским государственным университетом (факультет архитектуры и дизайна), Краснодарским музыкальным колледжем им. Н.А. Римского-Корсакова. Основными форматами сотрудничества являются: ведение совместной методической работы, организация и проведение совместных художественно-творческих мероприятий, обеспечение возможности восполнения кадровых ресурсов, кураторская консультационная деятельность.